1937年11月17日，金陵女子文理學院教授明妮·魏特琳致信美國駐華大使館官員，建議在南京設立一個安全區域，并建議將金陵女子文理學院作為安全區中心，因為其地理位置和建設堅固性都具有優勢。
11月22日，金陵大學校董事長杭立武提出了仿效上海市難民區，建立南京安全區的設想。同一天，包括魏特琳在內的十幾位外國傳教士、金陵大學與金陵女子文理學院外籍教授組成了名為“南京安全區國際委員會”的機構，并推舉西門子公司駐南京代表約翰·拉貝為主席，因為其納粹身份有利于和日方進行交涉。委員會討論決定，安全區將以美國大使館所在地和金陵大學、金陵女子文理學院、金陵中學、金陵神學院、鼓樓醫院等教會機構為中心，占地約3.86平方公里，區內分設交通部大廈、華僑招待所、金陵女子文理學院、最高法院等25個難民收容所。
12月8日，安全區國際委員會公布了《告南京市民書》，安全區正式接納難民。
1938年1月底，日軍強迫安全區內的難民返回居所，并聲稱已經恢復了南京城的秩序，但實際上血腥屠殺還在繼續。
2月18日，“安全區國際委員會”被迫改成“南京國際教授委員會”，委員會及安全區名存實亡。
安全區的最后一批難民營被迫于1938年5月關閉。
其他難民營：德國人卡爾·京特和丹麥人辛德·貝格開辦的江南水泥廠難民營，是當時南京最大的流動性難民營。難民營內建立了日夜巡邏隊抵抗日軍侵犯。
棲霞寺難民營是南京大屠殺期間唯一一家由中國僧人開辦的救助機構。面對日軍的騷擾，棲霞寺的寂然法師寫下了《以人類的名義致所有與此有關的人》的抗議信，被收在了《拉貝日記》中。
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