本屆世界杯，最大的爭議之一就是裁判問題。這也引發了是否該引入電子技術設備幫助裁判的大討論，使得國際足聯面臨空前的壓力。在世界杯八強賽到來之際，國際足聯先將一些“麻煩制造者”掃地出門。

引起最大爭議的當屬英格蘭和德國比賽的主裁判、烏拉圭人拉里昂達。比賽進行到38分鐘，德國隊場上2比1領先，英格蘭隊蘭帕德遠射擊中橫梁后皮球彈入門內，越過了門線將近一米，但是裁判卻判罰此球無效。這也引發了一片嘩然，英國媒體甚至不誤夸張地說“皮球越過了門線幾英里”，“除了裁判，全世界人民都看到了”。最終，德國4比1大勝英格蘭。

意大利最佳裁判羅塞蒂同樣引發了爭議。他誤將阿根廷隊打入的一個明顯的越位球判作有效，賽后險些引發墨西哥隊和阿根廷隊的群毆。這場比賽，阿根廷以3比1幸運勝出。

其他兩位爭議裁判是馬里人庫利巴利和法國人蘭諾伊。庫利巴利把美國隊的一個好球誤判為無效，使得美國錯失了在0比2落后的情況下反敗為勝的機會。而蘭諾伊則在巴西隊和科特迪瓦隊的比賽中了，以一張略有爭議的黃牌，使得卡卡兩黃變一紅被罰下。

不過，國際足聯在宣布這份除名名單時，并沒有給出原因。此前，國際足聯也曾多次表示，將拒絕對個別裁判的判罰進行評價。